ارزیابی روشهای آماده سازی نمونه برای تجزیه و تحلیل پروتئین های برگ پاپایا از طریق الکتروفورز ژل دو بعدی

مقدمه: انواع پروتکل های آماده سازی نمونه برای تجزیه و تحلیل پروتئومیک گیاه با استفاده از الکتروفورز ژل دو بعدی (2-DE) گزارش شده است. با این حال ، آنها معمولاً برای تجزیه و تحلیل گونه های گیاهی که قبلاً مورد مطالعه قرار نگرفتند ، باید سازگار و بهینه شوند.

هدف: این کار با هدف ارزیابی پروتکل های آماده سازی نمونه مختلف برای تجزیه و تحلیل پروتئین های برگ Carica Papaya L. از طریق 2-DE.

روش شناسی: چهار روش آماده سازی نمونه مورد آزمایش قرار گرفت: (1) استخراج فنل و بارش استات استات متانول-آمونیوم.(2) هیچ کسری بارش. و بارش سنتی تری کلرواواستیک اسید-آستون یا (3) با یا (4) بدون کسری پروتئین. نمونه ها برای سازگاری آنها با SDS-PAGE (1-DE) و 2-DE مورد بررسی قرار گرفت. پانزده نقطه پروتئین منتخب تریپسینیزه شدند و توسط دفع لیزر با کمک ماتریس/یونیزاسیون زمان پرواز از طیف سنجی جرمی پشت سر هم (MALDI-TOF-MS/MS) مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند ، و به دنبال آن یک جستجوی پروتئین با استفاده از پایگاه داده NCBINR برای شناسایی دقیق تمام پروتئین ها.

یافته ها: روش های شماره 3 و 4 منجر به مقادیر زیادی پروتئین با جداسازی 1-DE خوب شد و برای تجزیه و تحلیل 2-DE انتخاب شد. با این حال ، فقط روش TCA بدون کسری (شماره 4) مفید بود. تعداد نقطه و پیشرفت وضوح به دست آمد ، که شامل داشتن یک مرحله حلالیت اضافی در روش TCA معمولی بود. علاوه بر این ، بسیاری از داده های مولکولی پروتئین نظری و تجربی و داده های PI دارای مقادیر مشابهی بودند ، که نشان دهنده تمرکز خوب و از همه مهمتر تخریب پروتئین محدود است.

نتیجه گیری: روش آماده سازی نمونه توصیف شده اجازه می دهد تا تجزیه و تحلیل پروتئومیک برگهای پاپایا توسط 2-DE و طیف سنجی جرمی (MALDI-TOF-MS/MS). روشهای ارائه شده می تواند یک نقطه شروع برای بهینه سازی پروتکل های آماده سازی نمونه برای سایر گونه های گیاهی باشد.

مقالات مشابه

Rodrigues SP ، Ventura JA ، Aguilar C ، Nakayasu ES ، Almeida IC ، PM Feandes ، Zingali RB. Rodrigues sp ، et al. پروتئومیک2011 ژوئیه ؛ 11 (13): 2592-602. doi: 10. 1002/PMIC. 201000757. EPUB 2011 ژوئن 1. پروتئومیکس. 2011. PMID: 21630455

Xiong J ، Yang Q ، Kang J ، Sun Y ، Zhang T ، Margaret G ، Ding W. Xiong J ، et al. الکتروفورز2011 ژانویه ؛ 32 (2): 321-30. doi: 10. 1002/elps. 201000425. Epub 2010 دسامبر 20. الکتروفورز. 2011. PMID: 21254131

Gómez-Vivil S ، Tena M ، Lopez-Llorca LV ، Sanas J. Gómez-Vivil S ، et al. الکتروفورز2008 ژانویه ؛ 29 (2): 448-5doi: 10. 1002/elps. 200700380. الکتروفورز2008. PMID: 18064736

Nordhoff E ، Egelhofer V ، Giavalsco P ، Eickhoff H ، Ho M ، Przewislik T ، Theiss D ، Schneider U ، Lehrach H ، Gobom J. Nordhoff E ، et al. الکتروفورز2001 اوت ؛ 22 (14): 2844-5doi: 10. 1002/1522-2683 (200108) 22:14 3. 0. co ؛ 2-7الکتروفورز2001. PMID: 11565779 بررسی.

Posch A. Posch A. Arch Physiil Biochem. 2014 دسامبر ؛ 120 (5): 192-7doi: 10. 3109/13813455. 2014. 955031. Epub 2014 سپتامبر 11. Arch Physol Biochem. 2014. PMID: بررسی 25211021.

توسط

Aiello D ، Siciliano C ، Mazzot F ، D Doa L ، Risoluti R ، Napoli A. Aiello D ، et al. مولکولوس2020 مارس 25 ؛ 25 (7): 1doi: 10. 3390/moleculus2مولکولوس2020. PMID: 32218285 مقاله PMC رایگان.

Ben Amira A ، Bawens J ، De Pauw E ، Besbes S ، Attiha H ، Francis F ، Blecker C. Ben Amira A ، et al. J Chem Biol. 2016 25 اکتبر ؛ 10 (1): 25-3doi: 10. 1007/S12154-016-0161-9Ecollection 2017 Jan. J Chem Biol. 2016. PMID: 28101252 مقاله PMC رایگان.

Rodrigues SP ، Ventura JA ، Aguilar C ، Nakayasu ES ، Choi H ، Sobreira TJ ، Nohara LL ، Wermelining LS ، Almeida IC ، Zingal RB ، Feandes PM. Rodrigues sp ، et al. J پروتئومیک. 2012 ژوئن 18 ؛ 75 (11): 3191-8doi: 10. 1016/jprot. 2012. 03. 02EPUB 2012 مارس 24. J Proteomics. 2012. PMID: 22465191 مقاله PMC رایگان.

Maghhuly F ، Marzban G ، Laimer M. Maghuly F ، et al. مواد مغذی2009 فوریه ؛ 1 (2): 119-3doi: 10. 3390/nu1Epub 2009 اکتبر 28. مواد مغذی. 2009. PMID: 22253972 مقاله PMC رایگان. مرور.

Witzel K ، Shahzad M ، Matros A ، Mock HP ، Mühling KH. Witzel K ، et al. روشهای گیاهی. 2011 دسامبر 22 ؛ 7: 4doi: 10. 1186/1746-4811-7-4روشهای گیاهی. 2011. PMID: 22192489 مقاله PMC رایگان.